Kromě toho lze v kostele předpokládat i další menší individuální hrobové komory. Krypta v presbytáři byla patrně v souvislosti s opravou její klenby v průběhu 19. století částečně vyklizená. Situace v podzemí tzv. zimní kaple je narušená suťovým závalem a zřejmě i průnikem vody.

V kryptách v hlavní lodi a v boční kapli se dochovaly barokní bohatě zdobené rakve, z nichž jedna je opatřena malovaným letopočtem 1759.

Situaci v podzemí presbytáře zjistí průzkum v září

Antropologický průzkum situace v kryptě v boční lodi ukázal, že lidské pozůstatky, uložené v rakvích, jsou velmi špatně dochované. Zbytky hrobové výbavy, jako je obuv, textilie, drobné předměty jsou naopak dobře zachované. Jak hrobka v boční kapli, tak i další nově zjištěné podzemní prostory náleží velmi pravděpodobně baroknímu období.

Další informace přinese průzkum krypty pod presbytářem, který bude provedený koncem září po odkrytí jejího vstupu. Výzkumné práce budou mimo jiné zaměřeny na zodpovězení otázky, jestli se v kryptě nedochovaly pozůstatky zděných konstrukcí, souvisejících s nejstarší stavební fází kostela.

Minoritský klášter v Opavě byl založen před rokem 1250 zřejmě na podnět markraběte Přemysla II. Původní stavební jádro z 2. poloviny 13. století prošlo v první třetině 14. století přestavbou, v rámci které byl vystavěn nový presbytář. V jeho interiéru zřídil opavský vévoda Mikuláš II. rodovou hrobku, situovanou před vévodským oltářem.

V kostele sv. Ducha byla kromě Mikuláše II. a jeho manželky Jutty pohřbena i řada vévodových potomků, jejichž památku připomínaly náhrobky. V tomto směru jsou uváděni vévodové Václav II, Přemek a Arnošt Soupis pořídil klášterní kronikář před zasypáním krypty při opravě kostela po požáru v roce 1790.

Náhrobky byly podle něj umístěné v interiéru krypty uprostřed presbytáře. Kromě toho zmiňuje kronikář náhrobky příslušníků šlechtických rodů, například pánů z Vrbna, Tvorkovských z Kravař nebo Mošovských z Moravčína a opavských měšťanů.

Na průzkumu se podílí církev, město i odborné ústavy

Množství údajů o náhrobcích umístěných v kostele sv. Ducha a o tam pohřbených osobáchobsahuje také renesanční genealogické dílo Bartoloměje Paprockého z Hlahol, který zmiňuje mimo jiné velké množství náhrobků rodu Bítovských z Bítova.

Průzkum kostela sv. Ducha probíhá ve spolupráci Konventu minoritů v Opavě, statutárního města Opavy, ostravského územního pracoviště Národního památkového ústavu a Slezského zemského muzea. Podílí se na něm i řada dalších odborníků. Technickou podporu projektu poskytuje firma GEO-CZ a Tomáš Skalík, asistenci antropologa zajišťuje olomoucké Archeologické centrum.